Beim Magenbypass wird der Magen in zwei Teile, eine kleine Magentasche und den größeren Restmagen, getrennt. Der große Restmagen wird umgangen und hat somit keine Speicherfunktion mehr. Der Dünndarm wird durchtrennt und direkt mit dem kleinen Magen verbunden. Das andere Ende wird ca. 150cm weiter unten wieder mit dem Dünndarm verbunden. Durch diese Umleitung vermischen sich Nahrung und Verdauungssäfte aus Bauchspeicheldrüse und Galle erst in tieferen Darmabschnitten. Dadurch werden Fette später gelöst und aufgenommen.

Außerdem werden durch einen Magenbypass verschiedene Stoffwechsel-Regelkreise günstig beeinflusst. Jedoch ist eine lebenslange Versorgung mit Vitaminen und Spurenelementen nötig.