Bei einem Magenbypass wird die Nahrungspassage durch den Zwölffingerdarm ausgeschaltet. Dies passiert auch beim Omega Loop Bypass, auch Mini Bypass genannt. Im Gegensatz zum Roux-Y Magenbypass wird beim Omega Loop Bypass jedoch nur eine Anastomose gesetzt. Als Anastomose bezeichnet man die Verbindung von zwei unterschiedlichen anatomischen Strukturen.

Beim Magenbypass wird der Magen in zwei Teile geteilt. Es verbleibt eine kleine Magentasche und ein größerer Restmagen. Der Restmagen wird umgangen und hat somit keine Speicherfunktion mehr. Der Dünndarm wird durchtrennt und direkt mit dem kleinen Magen verbunden. Durch diese Umleitung vermischen sich Nahrung und Verdauungssäfte aus Bauchspeicheldrüse und Galle erst in tieferen Darmabschnitten. Dadurch werden Fette später gelöst und aufgenommen.

Nach einem Mini Bypass sind wie nach jedem Magenbypass regelmäßige Vitaminkontrollen, sowie eine regelmäßige Vitaminsubstitution notwendig.